In der Abteilung „Kernenergieüberwachung, Strahlenschutz“ kommt ein Managementsystem zur Anwendung, das die Anforderungen der Internationalen Atomenergiebehörde in Wien (IAEA) erfüllt (IAEA Safety Standards GS-R-3). Im Rahmen einer sogenannten IRRS-Mission (s. hierzu die Rubrik "IAEA-Review" unter "Organisation und Management") wurde das Management-System in den Jahren 2009 bis 2011 noch einmal grundlegend überarbeitet und an den neuesten Stand angepasst. Mit ihm werden die Aufgaben der Behörde systematisch mit Hilfe definierter Prozesse erfüllt und eine kontinuierliche Verbesserung der Aufgabenerfüllung erreicht. Der Schutz des Menschen und der Umwelt vor den Gefahren der Kernenergie und der schädlichen Wirkung ionisierender Strahlen – und damit die Sicherheit der kerntechnischen Anlagen – stehen an oberster Stelle.

Der Aufbau des Managementsystems ist in der untenstehenden Managementpyramide wiedergegeben.

An der Spitze der Pyramide stehen der gesetzliche Auftrag der Behörde (Schutz des Menschen und der Umwelt vor den Gefahren der Kernenergie und der schädlichen Wirkung ionisierender Strahlen), die Leitmerkmale ihrer Tätigkeit (unabhängig, kompetent, wachsam, durchsetzungsfähig und transparent), das Leitbild sowie die strategischen Ziele und daraus abgeleitete Jahresziele.

Auf der nächsten Ebene ist mit der Aufsichtskonzeption die programmatische Zielsetzung und die konzeptionelle Ausgestaltung für die atomrechtliche Aufsicht beschrieben.

Darunter befindet sich die Ebene der Prozesse. Sie enthält Regelungen und Anweisungen. Die generellen organisatorischen Regelungen finden sich im Organisationshandbuch, die Regelungen für die Aufsichtstätigkeiten im Aufsichtshandbuch und die Regelungen, die in kerntechnischen Notfällen zur Anwendungen kommen, im Störfallhandbuch.

Die unterste Ebene bilden Unterlagen, Hilfsmittel, Formulare u.a. Diese sind den Prozessen zugeordnet und finden sich in Verweisen in den Prozessen bzw. in Anlagen zu den Handbüchern.