Die EG-Wasserrahmenrichtlinie ist die Basis für einen umfassenden Gewässerschutz in ganz Europa. Nach der weitgehenden Verbesserung der Wasserqualität in Flüssen und Seen durch den Ausbau von Kläranlagen treten mit der WRRL die gewässerökologischen Fragen und die diffusen Belastungen stärker in den Vordergrund. Wesentliche Ziele der WRRL sind die Herstellung der ökologischen Funktionsfähigkeit der Oberflächengewässer und die Erhaltung der Nutzbarkeit des Grundwassers (= guter Zustand).

Zur Umsetzung der WRRL und zur Erreichung des guten Zustands gibt die WRRL verschiedene Fristen vor:

- 22.12.2000       Inkrafttreten WRRL
- 22.12.2003       Umsetzung in baden-württembergisches Wasserrecht
- 22.12.2004       Abschluss einer umfangreichen Bestandsaufnahme der Gewässersituation
- 22.12.2006       Aufstellen eines Monitoringprogramms zur Verifizierung der Defizite
- 22.12.2008       Veröffentlichung der Entwürfe der Bewirtschaftungspläne und Maßnahmenprogramme
                         zur Behebung der Defizite
- bis 22.06.2009  Anhörung der Öffentlichkeit und Abstimmung mit den Nachbarn in den Flussgebieten
                         Rhein und Donau
- 22.12.2009       Abschluss und Inkrafttreten der Bewirtschaftungspläne und Maßnahmenprogramme

Mit der WRRL werden die Zielkoordinaten der Wasserwirtschaft von der bisher betrachteten Wasserqualität hin zur ökologisch definierten und damit auch ortsfesten (Oberflächen)-Gewässerqualität neu ausgerichtet. Wesentliches Ziel wird es zukünftig sein, die Lebensbedingungen für die in der WRRL referenzierten Gewässerorganismen (wirbellose Gewässertiere, Algen, Wasserpflanzen, Fische) zu schaffen, was insbesondere für das Thema "Fische" eine beträchtliche Herausforderung darstellt. Damit wird der Schritt zu einer flächendeckenden ökologischen Bewirtschaftung und der Wiederherstellung ökologisch funktionsfähiger Räume vollzogen. Hiermit ist insbesondere eine funktionale Betrachtungsweise von Ökosystemen verbunden, die auch einzugsgebietsbezogene Darstellungen der Gewässerqualität erforderlich machen. Beim Grundwasser bleibt es bei der Betrachtung von Menge und chemisch definierter Qualität.

Die erarbeiteten Bewirtschaftungspläne einschließlich der Maßnahmenprogramme spannen den gesamten Bogen von der Problemdarstellung über die Definition von Bewirtschaftungszielen bis hin zur Problemlösung durch die Maßnahmen. Sie berücksichtigen auch andere Schutzgebietsziele (z. B. Natura 2000). Kernstück sind die Maßnahmenprogramme, die aus grundlegenden und ergänzenden Maßnahmen bestehen. Unter grundlegenden Maßnahmen werden i. W. die bisher aus EU-Recht resultierenden Maßnahmen (z. B. KommunalabwasserRL, IVU-RL, NitratRL, BadegewRL) als Mindestanforderung verstanden, unter ergänzenden Maßnahmen die zur Erreichung der Bewirtschaftungsziele der WRRL zusätzlich erforderlichen Maßnahmen.

Der Landtag von Baden-Württemberg hat den Bewirtschaftungsplänen und Maßnahmenprogrammen (gem. § 3c Wassergesetz) am 26.11.2009 zugestimmt.