Ein Öko-Audit setzt sich aus einer Reihe von Bausteinen zusammen. Von zentraler Bedeutung ist die sog. erste Umweltprüfung. Alle Bereiche des Unternehmens werden dabei unter die „ökologische Lupe“ genommen und mögliche Schwachstellen analysiert. Darauf aufbauend werden in einem Umweltprogramm die Ziele und Maßnahmen festgelegt, mit denen Schwachstellen behoben, Verbesserungspotentiale ermittelt und Einsparungen erzielt werden sollen. Abschließend wird für die Öffentlichkeit eine zusammenfassende Umwelterklärung erstellt, die alle ermittelten Daten und Fakten enthält und über die angestrebten Verbesserungsziele und –maßnahmen informiert.

Ein staatlich zugelassener, unabhängiger Gutachter prüft das Managementsystem und die Umwelterklärung und erklärt sie für gültig. Ist diese Hürde genommen, wird das Unternehmen über die Industrie- und Handelskammern bzw. Handwerkskammern in ein Umwelt-Audit-Register eingetragen und darf mit dem EMAS-Logo werben.

Die einmal erfolgte Zertifizierung gilt nicht für alle Zeiten. Spätestens alle drei Jahre ist eine sog. Revalidierung durch den Umweltgutachter vorgeschrieben. Außerdem ist im Regelfall eine jährliche Aktualisierung der Umwelterklärung erforderlich. Dies garantiert, dass auch tatsächlich eine kontinuierliche Verbesserung des Umweltschutzes im Unternehmen erzielt wird.